Após um ataque surpresa, Gabriel e Kan são capturados por terroristas.
No ano de 2010, os agentes de "Tom Rainbow Six: Vegas", Logan Keller, Gabriel Nowak e Kan Akahashi, estão em uma missão em uma cidade fronteiriça mexicana,
Assistido pelo oficial de inteligência Joanna Torres (Athena Karkanis) e piloto Brody Lukin (Andrew Pifko).
Seu objetivo é prender Irena Morales (Amanda Martinez), uma líder terrorista.
Quando a equipe chega à sua zona de desembarque em um helicóptero, Logan Fast-Bopes para baixo primeiro, mas é separado de seu grupo.
Logan luta pelas ruas infestadas de terroristas e se encontra com Gabriel e Kan em uma antiga igreja espanhola.
Depois de se infiltrar em um pátio de trem e libertar um grupo de reféns, Rainbow acabou indo para uma mina onde Irena está escondida.
No entanto, após um ataque surpresa, Irena escapa e Gabriel e Kan são capturados por terroristas.
Sozinho e armado apenas com sua arma, Logan luta através de uma fábrica abandonada, eventualmente escapando de helicóptero.
Ele é instruído a lidar com uma crise relacionada em Las Vegas.
Ele é retirado do lado de fora do cassino Calypso e se liga a sua nova equipe: Michael Walters (Isaac C. Singleton Jr.),
um especialista em demolições britânicas e Jung Park (Paul Sun Hyung Lee), um especialista em eletrônica coreana.
A equipe limpa o cassino e salva um grupo de reféns.
Eles também resgatam um pesquisador de armas da OTAN, que revela que um segundo pesquisador foi capturado.
Rainbow é então levado ao Red Lotus Casino para resgatar um repórter sequestrado.
O repórter os informa que os terroristas estão usando uma van de notícias como um centro de comunicações.
A equipe de Logan destrói o hub e depois voa para resgatar o pesquisador de armas sequestradas.
Tom Six Siege Clancy Rainbow é lançado no Spire Vertigo, um hotel de luxo ao longo da estratosfera.
A equipe encontra e resgata o pesquisador desaparecido, que informa à equipe sobre uma bomba de micro-pulso que foi colocada na vertigem.
Michael desarma a bomba, e Rainbow é então extraído para localizar Gabriel e Kan.
A equipe é despachada para o cassino de Dante, onde encontra e livre Gabriel.
Eles também encontram Kan, mas ele é morto a tiros em uma emboscada. Antes de morrer, Kan revela que o ataque em Las Vegas é uma distração,
E os terroristas de Irena estão planejando um ataque muito maior.
A equipe passa a um teatro para invadir um servidor terrorista.
O alvo de Irena é revelado como a barragem de Nevada (muito semelhante à barragem de Hoover).
Vamos para o jogo Tom Six Siege Clancy Rainbow ...